他早年追随一个名叫左才相的起义军首领，在齐郡长白山一带反叛官府，因为武力出众，得到了左才相的倚重。
与其他起义军将领的凶暴残忍不同，李子通为人宽厚仁慈，因此不少走投无路的百姓竞相投奔他，使他很快就拥有了超过一万的部众。
可也正是因为他实力的急剧膨胀，引起了左才相的猜忌，逼得李子通只能率部众脱离了左才相，南渡淮河去投奔杜伏威。
但是没过多久，他就因为跟杜伏威有了矛盾，派兵去伏击杜伏威，致使杜伏威重伤落马，若不是手下将领王雄诞背着他拼死逃脱，恐怕日后纵横江淮的杜伏威就要死在他手中。
只是还没等杜伏威向李子通复仇，他们二人就先后被来护儿第六子来整率军击败，李子通率残部逃到海陵，又招得士卒两万人，自称楚王。
之后，宇文化及弑杀杨广，率十多万骁果军放弃江都北上，李子通迅速率军包围了江都，逼得留守江都的右御卫将军陈棱不得不送人质到沈法兴和杜伏威处，换取他们两家出兵支援江都。
可面对沈杜两家的援军，李子通并没有放弃攻打江都，反而采纳手下谋士毛文深的计策，招募江南人假扮沈法兴之子沈纶的士兵，趁夜偷袭了杜伏威的大营。
杜伏威中计，一怒之下也派兵袭击了沈纶的大营。
因为此事，杜伏威和沈纶相互猜疑，谁都不敢先进军支援江都。
李子通也趁此良机，全力攻克了江都，随后又乘胜挥师大破沈纶的援军，使得杜伏威独木难支，不得不狼狈撤军。
而后，李子通在江都即皇帝位，定国号吴，改元明政。
只不过如今因为秦昇的出现，江都之变以失败告终，自然就没有了之后宇文化及放弃江都率十余万骁果军北上之事，可以说是硬生生打断了李子通的大吴皇帝梦。
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