许多土着头人、地方首领主动投效，带领族人加入郑军。
郑军控制区域不断扩大，虽遇零星抵抗，然在正规军与新附军联合打击下，很快被粉碎。
待施琅发出总攻请示时，郑军及其新附势力已实际控制吕宋岛六成以上土地，马尼拉彻底成为孤城，城内饥荒、疫病传闻四起，士气崩溃。
许宫当即下令：此时进攻紧迫，西班牙总督必在马尼拉城内。
一面继续劝降，一面令靠近马尼拉的部队配合主力，开始围城威慑与强攻；其余部队继续扫荡剩余土地，纳入统治。
待稳定后，参照大明范例设立府县，委派官员治理。
早期赋税劳役一律减免，提供便利，传播中原种植与手工业技术，使吕宋成为我军另一核心大本营。
施琅忠实执行。围城主力收紧包围圈，日夜炮击骚扰，射入劝降文书，许以体面离开。各地新设府县，轻徭薄赋，传播技术，收揽人心。
半月之后，施琅快报传来：“西夷吕宋总督科奎拉已于三日前开城请降。马尼拉已克。降约如下：西夷驻军、官员、眷属可携带随身细软，由我派船监视，遣送至荷兰或葡萄牙控制港口；其库存金银、军械、船只、档案尽数归我；其于吕宋一切权利自此作废。我军已入城，秩序初定。吕宋全岛，至此尽入囊中。”
消息传回，北港乃至整个郑氏控制区一片欢腾。此乃郑芝龙死后最大规模海外扩张。
陈永华道贺之后，提出现实问题：“吕宋地广人众，民族混杂，信仰各异，治理难度远胜台湾。需尽快派遣得力文武官员，携带文吏、工匠、移民前往，建立稳固统治。此外，荷兰人态度恐将大变，需严加防范。大明朝廷方面，此开疆拓土之功，或可借此谋求更实质名分。”
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