全国各地的少女经过圣使晶石的遴选，一百零八名圣使少女组成了【圣使少女战斗队】，与国民自卫队一齐向恶魔发动反攻。
经历了六天惨烈的决战，付出了绝大部分圣使少女战死，甚至道明寺圣正博士也在一次防御战中被杀的代价，国民自卫队最终夺回了日本全境的控制权。
在这场战争的最后，最强圣使少女——【圣使少女：无色纯钻】带领【枢要宝石小队】，与【触手怪人：代号：参谋长】在羽田机场的决战中胜出，关闭了传送门，正式宣告异界入侵结束。
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然而，即使传送门被关闭，蛰伏在日本境内的恶魔残党仍然时不时发动垂死挣扎的袭击。
为了防止恶魔再次危害日本，日本政府决定保留国民自卫队与圣使少女战斗队。
虽然世界各国忌惮圣使少女的强大战斗力，但由于联合国安全理事会成员在异界入侵的威胁下仍然互相争斗，从结果上没有积极制止发生在日本的人道主义惨剧，这一决议并没有受到国际社会的强硬反对。
但圣使少女，毕竟还是足以颠覆人类战争形势的强大战斗力。
为了避免自己的强大战斗力引发更多国际纠纷，最强圣使少女：无色纯钻在异界入侵结束一年后，选择隐退，宣誓不再使用圣使晶石，离开了圣使少女战斗队。
不过，圣使少女：无色纯钻的战友，异界入侵最后决战中仅剩的幸存者——枢要宝石小队的【圣使少女：蓝水晶】、【圣使少女：祖母绿】、【圣使少女：红宝石】，作为实力最强的三大圣使少女，仍然鼓舞着纯洁善良的少女加入圣使少女战斗队，守护家人、朋友、还有日本国民的安全。
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